Métodos tradicionais de microbiologia possuem a capacidade de identificar um micro-organismo por vez (em diferentes níveis taxonômicos), utilizando etapas de cultura. O DMD, Diagnóstico Microbiológico Digital, foi desenvolvido com o objetivo de romper esse paradigma, identificando os micro-organismos diretamente da amostra por meio de seu DNA, sem a necessidade de etapa de cultura. O DNA é o material genético que define o indivíduo, e quando analisado de forma comparativa, permite a identificação desse indivíduo em diferentes níveis. O DMD tem como princípio a utilização de marcadores genéticos para a identificação de micro-organismos, utilizando como base as novas tecnologias de sequenciamento de DNA em larga escala. Este pipeline tecnológico possui duas etapas principais: i. A etapa laboratorial que compreende a purificação e extração do DNA, preparo molecular da amostra e sequenciamento do DNA; e; ii) As etapas computacionais que consistem em análises de bioinformática e a implementação dos dados na plataforma de visualização.
A plataforma Neobiome é uma software desenvolvido pela Neoprospecta que funciona como uma interface analítica para os resultados do diagnóstico microbiológico digital. Essa plataforma permite visualizar e analisar os resultados de forma intuitiva, através de ferramentas inovadoras como o perfil microbiológico, perfil genético e o mapa de risco.
Por meio de um algoritmo que calcula padrões de riscos, esta ferramenta indica visualmente, em uma planta baixa, os padrões de contaminações microbiológicos.
Permite visualizar a composição e relações quantitativas dos micro-organismos identificados.
Esta ferramenta permite traçar as possíveis rotas de contaminações ao agrupar todas as sequências de DNA idênticas geneticamente e mostrar em quais amostras este “grupo” estava presente.
Nos fale um pouco sobre seus interesses
Pipeline completamente automatizado de montagem, anotação e SNP calling. Esse pipeline permite uma rápida caracterização de acordo com o NCBI Prokaryotic Genome Annotation Standards.
O NEORefDB é um banco de dados proprietário da Neoprospecta com uma grande acurácia para os marcadores de 16S (bactérias), 18S (protozoários), ITS (Fungos), Genes de Resistência aos Antibióticos e vírus (primers específicos). Esse banco é a base de referência utilizada nos pipelines do diagnóstico microbiológico digital.
Uma das especialidades da Neoprospecta é o desenvolvimento de kits para diagnóstico rápido por qPCR. Com essa especialidade, surgiu o XGene, uma linha de kits de diagnóstico rápido para identificação de micro-organismos e resistência antimicrobiana, voltado para diferentes segmentos, como: